Fabiana, bom dia.
Para que a opção ao Simples Nacional seja deferida, é necessário a regularização de qualquer pendência, no seu caso, débitos, por meio de pagamento ou parcelamento até a data final do período da opção, o qual é dia 29/01/2021.
Como você disse que tal cliente tinha este débito, o qual já foi parcelado e pago a 1ª parcela, então, considerando tudo isso, a opção será deferida. Contudo, o sistema tem até dia 11/02/2021 para reprocessar os pedidos, baixar as pendências por ventura regularizadas e deferir o pedido.
Até lá, o que você pode fazer é somente acompanhar e torcer pra tudo sair como planejado.
"Nas horas difíceis, jamais baixe a cabeça, porque a solução para o problema não está no chão, mas sim na sua determinação."