Então Adriana!
Nesse caso o fato supremo é Prestação de Servico, você deve emtir uma NFS-e com todos os custos do servico prestado, independente do material que você ultilizou, se você precisou comprar um produto/mercadoria para a prestação de serviço, a responsabilidade de todos os custos é do prestador, a Nota Fiscal de Serviço vai definir o serviço prestado, infelizmente você não vai poder lancar na sua NFS-e um produto que o você comprou para ultilizar naquele serviço como forma de mercadoria vendida ao tomador, não existe essa operação.
Segundo ponto que você deve observar é sobre o valor contábil e a vida útil deste produto que está sendo adquirido para prestação do serviço do seu cliente. Segundo a NBC TG 27 (R4) diz que o produto deve ser considerado um ativo imobilizado quando for sobressalentes, peças de reposição, ferramentas e equipamentos de uso interno são classificados como ativo imobilizado quando a entidade espera usá-los por mais de um período(um ano). E segundo o que nos diz a Lei 9.588 22/11/2018 em seu art. 313 O custo de aquisição de bens do ativo não circulante imobilizado e intangível não poderá ser deduzido como despesa operacional;
§ 1º O disposto no caput não se aplica nas seguintes hipóteses;
I - se o bem adquirido tiver valor unitário não superior a R$ 1.200,00 (mil e duzentos reais); ou
II - se o prazo de vida útil do bem adquirido não for superior a um ano
Resolução:
Caso o valor da mercadorial tenha eu valor contábil superior a R$1.200,00, e a vida útil dessa mercadoria for superior a 01 ano, você terá que emitir 1 NFS-e somente com o valor do Serviço, e 1 NF-e com o mercadoria. A sua NF-e de compra dessa mercadoria você deverá escritura-la na entrada com o CFOP 2102 - COMPRA PARA COMERCIALIZAÇÃO DE FORA DO ESTADO. (Observar o Protocolo de ICMS) .
E na saída com o CFOP 6949 - VENDA DE BEM PARA O ATIVO IMOBILIZADO.
Porém, se o valor da mercadoria não for superior a R$1.200,00, sugiro que o custo dessa mercadoria esteja por dentro do valor da Prestação de Serviço, nesse caso você pode emitir apenas a NFS-e, caso ache necessário coloque em observações os produtos que foram utilizados.
Espero ter ajudado.
Abraços.