Bom Dia Janete!
O Programa da SEFAZ em si é seguro, pois sempre quando tiver atualizações de layout será o primeiro a emitir notas com as correções, apesar de ser um pouco pesado para a máquina do usuário, pois tem que instalar junto o programa Java, e também sempre é recomendado um backup da pasta onde se encontra instalado o mesmo para caso tenha que formatar seu computador.
Meus clientes ao emitir nota neste programa do SEFAZ já efetua a exportação da mesma em XML para eu importar para meu sistema e guarda-lo por 5 anos. Então fica no sistema da empresa, no sistema do escritório, e ainda no final de cada dia ela faz uma cópia no pen-drive dela por segurança.
Obs: Este procedimento de backup dos arquivos é recomendado não só no programa do governo, + até mesmo em de terceiros, pois caso de problemas no terminal que o usuário emiti as notas, não perderá seus arquivos, pois a legislação pede que guarde durante 5 anos não só o movimento eletrônico de saídas, + também o de entradas.
ATT.Emerson