ICMS Frete

Olá
Vamos ao caso: Uma transportadora inscrita no PI é subcontratada por uma transportadora inscrita no CE para realizar serviço de transporte de cargas do CE para MA. Na emissão de um Cte de Subcontratação pela transportadora inscrita no PI, qual CFOP utilizar: 6.932 ou 6.360? Qual a CST do ICMS: 041 ou 090?

Raquel, como o serviço de transporte começa no Ceará, o ICMS transporte e as regras (obrigações acessórias) são as determinadas pelo Estado do Ceará!
Vc disse que a empresa que subcontratou é do Ceará, então, essa transportadora do Ceará é responsável pelo ICMS frete!
A cláusula primeira do Convênio 25/90 dispõe sobre a subcontratação do serviço de transporte nesse caso específico colocado por vc:
“Cláusula primeira Na hipótese de subcontratação de prestação de serviço de transporte de carga, fica atribuída a responsabilidade pelo pagamento do imposto devido à empresa transportadora contratante, desde que inscrita no cadastro de contribuintes do Estado de início da prestação".

Na legislação tributária do Ceará essa regra consta no artigo 3º da Instrução Normativa nº 61/2019 (e artigo 432, IV, ‘d’, Decreto nº 24.569/1997).
Na subcontratação o ICMS frete deverá ser pago pelo transportador cearense (com CGF) que contratar outro transportador para iniciar o serviço de transporte (ainda que esse outro transportador seja de outro Estado, sem CGF no Ceará). O transportador do Ceará que contrata fica responsável pelo pagamento do ICMS transporte, substituição tributária concomitante (artigo 432, IV, ‘d’, combinado com o §2º do mesmo artigo).
O transportador subcontratado não precisa emitir CT-e porque a viagem seguirá com o CT-e do transportador contratante (essa dispensa do CT-e do subcontratado é apenas para fins exclusivos do ICMS, ou seja, o CT-e poderá ser emitido para outros fins, por exemplo, para fins de controle de faturamento – ver artigo 252, §2º, Decreto nº 24.569/1997).

2) Quanto as suas perguntas:
Qual CFOP utilizar?
RESP. Veja no relato acima que disse que a transportadora no Ceará é a responsável pelo ICMS (substituição tributária concomitante), logo, o CFOP adequado é o 6.360.

Qual a CST?
RESP. Vc sugeriu a CST .41 e .90,
A .41 quando não existe nenhuma tributação (entendo que não é adequada porque existe ICMS sim).
A .90 é utilizada quando nenhuma outra se encaixa, porém, entendo, a mais correta é a .30, ou seja, você não está obrigada a tributar porque o ICMS foi transferido para a subcontratante no Ceará por força da legislação. Não é tributada por vc porque foi tributada por substituição tributária pela transportadora no Ceará (substituição tributária concomitante). Foi transferida a responsabilidade no momento da prestação do serviço (de forma concomitante).

Caro José Flavio
Muito obrigada pelos esclarecimentos!