Existem 03 possibilidades de base de cálculo:
1 - Ato Cotepe PMPF (atualmente ato cotepe pmpf 07/2021)
2 - Margem de agregação (Ato Cotepe 61/2019).
3 - Por fim, em substituição aos percentuais do item 2 acima (percentuais de Ato Cotepe ICMS), a MVA será obtida mediante a aplicação da fórmula colocada na cláusula nona do Convênio ICMS nº 110/2007.
Não é você que escolhe, não existe isso!
Conforme Convênio 110/2007 existe uma gradação. Caso o Estado adote para o combustível o PMPF então é esse que será utilizado; na falta vai para o agregado do Ato Cotepe 61/2019 e por fim a fórmula da cláusula nona do Convênio 110/2007.
Portanto, depende do combustível. Verifique se consta no Ato Cotepe PMPF (se sim, então, adote esses valores como partida para o cállculo); na falta, vá para os agregados do Ato Cotepe 61/2019 (percentuais constam no site do CONFAZ: lado esquerdo substituição tributária, em seguida "combustívels - MVA" e depois clique no seu Estado).