Sahra, bom dia.
O maior problema foi a irregularidade ter sido sanada somente no mês seguinte e ao envolver dois períodos de tributação, a matemática realmente fica confusa.
Se a nota de R$42mm for de venda, mais complexo ainda, já que haverá sérios e distorcidos reflexos nos impostos devidos.
Tendo como amparo o Artigo 138 do Código Tributário Nacional (artigo trata da espontaneidade de procedimentos por parte do contribuinte antes da ação fiscal) sugiro fazer urgente ocorrência junto a Secretaria da Fazenda do seu estado, mediante anotação no RUDFTO - Registro de Ocorrências, solicitando esclarecimentos sobre os procedimentos a serem feitos e que não tragam prejuízos ao contribuinte, onde deverá de forma inequívoca, provar que o erário não teve prejuízos com o erro.
Caso possa e queira, assim que a demanda estiver concluída e espero, satisfatoriamente para o seu cliente, poste aqui a resolução para nosso conhecimento.
Boa sorte.