RETENÇÃO DE ISS

Boa Noite!
Trabalho numa empresa de licenciamento de software nas prefeituras e o que ocorre. O município que eu trabalho ele diz, que o ISS é dele e as prefeituras que nós trabalhamos, prestamos serviços para elas ,colocando o licenciamento de software ,  diz que o ISS é deles . Portanto , na hora de receber a nota fiscal , vem com o desconto de ISS. E quando vou recolher a minha guia de ISS no municipio que a minha empresa esta instalada, pago de novo pelo ISS, porque a gente não tem como  desmarcar a NF que foi descontada. A minha pergunta é o seguinte o que que eu faço para não ter essa bitributação de ISS? 
o FISCAL DIZ QUE É DELE E NO OUTRO MUNICIPIO TAMBEM FALA A MESMA COISA , não sei o que fazer . Alguém pode me ajudar ?

Bom dia, 
Eu sugiro consultar o "Art. 3o , da LC 116/03, que define as hipóteses de retenção de ISS. No meu ver, a LC 116/03 ja definiu tais hipóteses e o município não tem o poder de alterá-la, se não todos o fariam para benefício próprio. Verifique se a sua atividade está inclusa nessa lista, mas creio que o ISS seja devido no município do prestador de serviço nesse caso e não do tomador.

Bom dia ! então o meu serviço é esse : 1.05 – Licenciamento ou cessão de direito de uso de programas de computação.
Ele se aplica ne ? o recolhimento é no municipio que o prestador esta instalado.

Boa tarde, Patrícia! 

Seu problema é muito comum com respeito ao ISS. Dá uma olhada no seguinte texto: www.fariadv.com.br

Caros colegas,

Tivemos a seguinte situação aqui, como a empresa que nos presta serviços deixou 3 funcionários no prédio da prefeitura entendemos que por força do artigo 4º da LC 116/03 eles deveriam ter filial aqui e emitir NFS-e aqui, com isso estamos cobrando o ISS deles.