Caroline Lopes, boa tarde.
Sou de SP, não tenho nenhum conhecimento prático desta Lei, mas para poder te ajudar, dei uma olhada nela.
No Art. 20, Inciso VIII, temos:
VIII - o tomador de serviço que tenha despendido a partir do ano de 2002, com o pagamento de serviços de terceiros, valor anual, igual ou superior a R$240.000,00 (duzentos e quarenta mil reais), apurado no exercício financeiro correspondente ao ano civil anterior ao do serviço tomado.
Então veja que não se trata de a empresa ter FATURADO este valor de R$ 240.000,00 conforme você descreve no seu comentário e sim de ter despesas com serviços tomados num valor igual ou superior a R$ 240.000,00 no ano anterior.
Sabendo disso, caso seu cliente se enquadre nessa situação de obrigatoriedade, entendo que sim, você deverá solicitar ao prestador o cancelamento da
nota fiscal emitida sem retenção e a emissão de uma nova nota fiscal com retenção de ISS.
Somente observe que o Art. 22 da referida Lei também traz algumas situações onde não se aplicará as retenções na fonte. Verifique também se esta operação não se enquadra em alguma das mencionadas ali.