EMPRESA POSSUI DUAS INSCRIÇÕES MUNICIPAIS EM DOIS MUNICIPIOS DIFERENTES

Chegou uma empresa aqui no escritório com duas inscrições MUNICIPAIS uma no município de Niterói, e outra inscrição MUNICIPAL no Rio de Janeiro.
A empresa emite nota fiscal nas duas prefeituras. 
Informo que a empresa não possui inscrição Estadual, atuando assim apenas como serviço, com um estabelecimento em NITERÓI.
Visto que essa situação não é legal, gostaria de saber quais providências poderei tomar e quais penalidades a empresa poderá enfrentar. 

Bom dia!

Estou com essa mesma situação. Como resolveu?

Caros colegas, 

No meu entendimento, devem verificar o endereço cadastrado no CNPJ, nesse endereço a empresa deve ter "inscrição municipal".
Porem, recomendo que verifiquem a necessidade de cadastro ( CPOM ) de prestadores de outros municipios.

A Empresa pode ter duas Filiais diferentes, cada um com seu CNPJ.