Transporte terceirizado

Olá Pessoal! 
Minha dúvida é a seguinte: A empresa X contratou uma transportadora Y que "terceirizou o seu serviço" para a empresa Z.Porém a empresa Y emitiu um CTE para a empresa X e colocou a informação que a empresa Z estaria fazendo o transporte. Pergunto:*Como a empresa Z vai comprovar que o recebimento do valor é referente ao transporte que foi realizado?  Vai ter que fazer um recibo ou ela terá que emitir um novo CTE para a empresa Y?*A empresa Z recebe o valor líquido, ou seja, a empresa Y já faz o desconto do ICMS. Como ela vai tributar esse imposto para não "pagar" 2 vezes?


Agradeço a atenção.

Bom Dia
Z emite CTe para Y
Y emite CTe para X

Não existe recebimento líquido, cada CTe é uma contratação na qual incidirá os impostos, são independentes.

At. te