Venda de mercadorias por estabelecimentos distintos da mesma empresa

Tenho a seguinte situação: um estabelecimento realizoutransações de vendas de mercadorias através de cartões de crédito e débito, por
intermédio de equipamento Emissor de Cupom Fiscal - ECF. Entretanto, por não
dispor de todos os itens em seu estoque, parte das mercadorias foram entregues
por outros estabelecimentos da mesma empresa no próprio estado, que emitiram os
respectivos documentos fiscais de venda a consumidor final (NF-e e NFC-e)
e  procederam as baixas das mercadorias de seus próprios estoques, uma vez
que não ocorreram eventos de transferências de mercadorias entre os
estabelecimentos envolvidos. Ou seja, um estabelecimento realizou a venda e
outro estabelecimento entregou e tributou a mercadoria.
Ocorre que a fiscalização tributária, com base nas informações enviadas pelas Administradoras de Cartões de Crédito,  lavrou Auto de Infração em desfavor do estabelecimentoque realizou as vendas, alegando presunção de omissão de receita de ICMS.
Diante do exposto, pergunto se à luz da legislaçãotributária, é possível estas transações entre estabelecimentos da mesma empresa
no estado? Alguém já se deparou com esta situação? 

MARIA DA CONCEIÇÃO
Boa tarde.
Para fins de apuração dos tributos Federias existe a concentração de recolhimento pela matriz . No entanto para fins Municipais e Estaduais existe a distinção por estabelecimento, cada estabelecimento tem sua Inscrição estadual para que ocorra este controle. Se a valor foi recebido pela filial 1 mais a NF de venda Foi emitida pela filial 2, temos dois pontos a filial 1 efetuou venda sem NF. e a Filial 2 tem um a receber em aberto.

Vejo uma opção quando isso acontecer. a Filial 1 recebe o valor e emite a NF-C de venda, a filial 2 emite uma de transferência (DANFE) para filial 1 que posteriormente emitirá uma DANFE de Entrega da mercadoria .

At. Maria da Conceição Oliveira Gatinho