olá Boa noite!
eu entendo da seguite maneira:
a empresa que está localizada em outro municipio, e presta serviços em são paulo, o tomador do serviço irá recolher(descontar) 5% do valor da Nota referente ao ISS.
mas para que isso não ocorra, basta que a empresa que estiver prestando serviços em são paulo, faça um cadastramento no site da prefeitura provando que está localizada de fato em outro municipio.
se não fizer esse cadastramento, será descontado 5% independente se for optante pelo simples ou não.
essa exigência se deve devido ao fato de muitas empresas que antes estavam localizada em são paulo e para fugir da carga tributária, "mudaram de municipio" (apenas no documento) para pagar menos imposto (as vezes chegando apenas a 2%).
com essa medida, a prefeitura tenta combater esse tipo de atitude.
ah! a empresa optante pelo simples, não destaca o ISS na nota, porem, isso não impede o desconto do mesmo pelo tomador do serviço,
Não sei se ajudei, mas é por ai.
Beijos