Boa tarde Lucas,
Como pode ver, estou localizado no estado de São Paulo. Mas acredito não haver diferenças nestes tópicos que mencionou.
1º Substituição Tributária: Consiste em uma forma de pagamento do imposto (ICMS) geralmente pelo próprio fabricante do produto, ficando as demais operações livres do imposto, uma vez que quem comprar deste fabricante, provavelmente já pagou por uma mercadoria mais cara pelo motivo de o fabricante ter embutido no seu preço final o valor do imposto.
2º Diferença de Alíquota: Você respondeu no momento em que fez a 2º pergunta.
3º Antecipação Parcial: Essa fico lhe devendo, no mais pleno sentido do entendimento, porém, ao meu ver é mais ou menos parecido com uma ST (Substituição Tributária) onde talvez somente parte do imposto é pago antecipadamente, ficando um resíduo para pagamento futuro, ou seja nas próximas operações (revendedor).