Cliente faz nota sem st quando a entrada vem substituida.

Ola a todos tudo bem?
Tenho um cliente que vende peças de carro (bucha de carro e outros iguais) pela internet (mercado livre e shopee), a empresa dele é de São Paulo e as notas de entrada vem com ICMS substituido.
a pergunta: recentemente ele ultrapassou o sublimite estadual e tenho que fazer o EFD ICMS/IPI e a GIA para ele, as notas de entrada dele vem substituidas mas quando fui ver suas notas de saida para outro estado para não contiruinte e contribuinte ele informa a base de calculo ICMS mas não informa que são substituidas, ele não deveria informa a substituição? ainda sou novo nessa area e queria uma ajuda ele esta fazendo certo? ele não deveria informar ST para venda para não contribuinte? assim ele tem que pagar ICMS que não precisava certo?

muito obrigado pela ajuda desde ja.

Bruno acho que estou com o mesmo problema.
Tenho uma loja de Auto Pecas e comecei a fazer venda pelo mercado livre interestadual para clientes não contribuinte, meus produtos são a maioria com ST . Meu contador me orientou a usar CFOP 6108, mas eu não acho correto porque eu tenho que pagar o ICMS outra vez e alem disso a DIFAL, minha pergunta é teria como recuperar o icms que esta sendo bitributado? Se sim como?
att.
Valdecir