Silas, bom dia!
No meu entendimento, CFOP 5.927 é apenas para baixa do estoque, não é faturamento para ser recolhido imposto no Simples Nacional, portanto não há impacto no cálculo.
Com relação ao estorno, se a empresa fosse do lucro presumido, seria emitida a Nota Fiscal com o CFOP 5.927 apenas para baixa do estoque, o estorno do crédito do ICMS realizado por ocasião da entrada da mercadoria no estabelecimento, deverá ser feito direto na apuração do imposto (item 2 do parágrafo 8º do Art. 125 e art. 67 do RICMS/00).
Essa matéria trata sobre o assunto, vale a pena dar uma olhadinha.
https://sigaofisco.com.br/icms-cfop-5927-deve-ser-utilizado-para-emissao-de-nf-e-para-baixa-de-estoque/
Espero ter ajudado.