Dedução de materiais na nf de serviços

O cliente deposita na conta da prestadora de serviços ( construção civil ) o valor para o mesmo comprar os materiais a serem utilizados na obra, ai a questão; na hora em que a receita cruzar as informações do faturamento declarado x o banco o banco vai sempre estar maior o valor da entrada, é correto o cliente fazer essas transferencias para o prestador de serviços ou tem outra forma ?

Foi firmado algum contrato de prestação de serviço em que constava essa obrigação de depósito de dinheiro para compras de materiais?

O correto neste caso é a empresa que recebe o dinheiro (para custear despesas) deveria emitir uma ND - Nota de Débito e informar tal operação no seu BP a parte pagadora deverá então fazer o mesmo lançamento no seu BP em passivo.

Outra forma é emitir a NFS com o gross-up do valor.

Isso no futuro poderá trazer complicações junto á RFB.