MEI - qual valor/alíquota do ISS deve ser recolhida

Minha filha tem uma empresa MEI cadastrada em um município onde a alíquota do ISS  é 2%,de fato a empresa está neste
município onde ela mora , mas presta serviço para uma empresa em São Paulo a alíquota é 5%, onde ela emite a NF não
dá a opção de colocar a alíquota do ISS já vem com o percentual de 2% referente a cidade onde ela mora
  Exemplo: Suponha que a nota seja emita seja no valor de R$ 1000,00  a nota vem discriminada 2% de alíquota da cidade onde ela tem empresa e mora  , mas o valor vem R$ 1000,00
  Quando depositam o valor para ela, depositam  R$ 950,00  retendo os 5%
 Primeira pergunta : Isto está correto ?

  Segunda pergunta: Ela diz que paga mensalmente o DAS , correspondendo ao ISS e INSS,  este ISS  tem algo a ver com o ISS pago na NF ?

Enfim, gostaria de saber se está correto descontarem pela alíquota do ISS  de São Paulo, ou se o portal está "bugado" por não deixá-la escolher a alíquota, e se este pagamento mensal do DAS  tem alguma influência neste caso

No campo de Outras informações da NF  vem escrito:
Retenção de ISS não permitida. Empresa do regime tributário MEI-Micro Empreendedor Individual
Fico antecipadamente agradecido

Olá,
o MEI recolhe o ISS por dentro do DAS, logo, não haverá destaque ou retenção de qualquer valor a título de ISS.

Seguindo seu exemplo, se o prestador (MEI) emitir a NFSe de R$ 1.000,00 o valor a ser pago pelo tomador será os R$ 1.000,00 sem nenhuma retenção.
*Não será destacado nenhum percentual de ISS na nota cfe mencionou, pois o ISS é recolhido por valor fixo mensal através do DAS.

Lei Complementar nº 123/2006, Art. 21, § 4º, Inc. IV

O que pode acontecer também é a retenção de ISS para os prestadores estabelecidos fora de São Paulo e não inscritos no cadastro CPOM, de qualquer forma, existe a dispensa de cadastro para MEI, conforme Decreto 59.579/20, Art. 196, Inc. V.