Emissão de Ct-e para Tranporte Municipal

Olá a Todos!

Recentemente identifiquei um problema na empresa que trabalho, todos os serviços de transporte intramunicipais estão sendo cobrados através de CT-e ao invés de nota fiscal de serviços, ao questionar a gestão foi levantada a possibilidade de manter dessa forma visto que até o momento nunca houve nenhum tipo de atuação nem pela prefeitura de São Paulo e nem pelo estado. Quais são as penalidades pra esse caso? O estado também pode questionar meus créditos de ICMS visto que a prestação está sujeita a ISS e está destacando ICMS?

Desde já agradeço a atenção