Está pagando em duplicidade sim, pois ao vender a outro Estado de produto na lista de convênio, começa nova fase de tributação.
Não existe a condição de Substituído Tributário em venda interestadual a contribuinte do ICMS, por isto não existe CFOP 6405.
Em operação interestadual o CFOP usado e de Substituto Tributário 6403.
SP não quer saber se você já pagou ST para MG anteriormente , SP quer a parte dele, que é devido.
Depois você literalmente corre atrás, do foi pago anteriormente a MG.
Normalmente o estado de origem, vai fazer de tudo para você desistir da restituição, com várias exigências em arquivo em disco, como as notas de compra, inventário etc.