Venda de Produtos Importados Como Funciona Tributação?

Olá, tenho uma empresa que irá fazer uma importação legalizada por transporte marítmo. Nesse sentido, serão pagos os impostos devidos ao chegar no Brasil como Imposto de Importação; IPI; PIS; COFINS e ICMS e outras taxas. Assim quando for vender essa mercadoria em uma microempresa pelo simples nacional tem que pagar os impostos tudo de novo? Ou para evitar pagar em duplicidade posso emitir notas fiscais com o seguinte CSOSN: "500 Icms cobrado anteriormente por substituição tributária (substituído) ou por antecipação"? 

Peço ajuda de quem tem experiência pois sou nova nesse assunto de tributação de produtos importados.

Obrigada!