Pagamento de GNRE em venda Triangular

Bom dia a Todos!

Vou tentar explicar da melhor forma possível para que vocês possam me ajudar com um caso de Venda Triangular

Nossa empresa está situada em uma cidade da região metropolitana de Belo Horizonte, e tem uma fábrica que nos atende na região de São Paulo. Sabendo que é impraticável trazer essa mercadoria para cá e despachar de BH, nós estamos trabalhando via venda triangular onde o cliente irá receber 2 notas fiscais, uma que é nossa de bh x lugar do cliente, que é a nota fiscal de venda de mercadoria, onde ela justifica a transação financeira da operação, e a outra NF é com fins de transporte para que a mercadoria chegue até o cliente, uma vez que a transportadora de SP não pode coletar uma mercadoria que tem a NF origem MG.

O problema maior é que essas notas estão gerando 2 GNRE, 1 para cada nota fiscal, e eu não acho que isso esteja correto, uma vez que uma nota fiscal deveria estar atrelada a outra. 
Alguém já passou por algo parecido e pode relatar o que fez para solucionar o problema, ou alguém pode me dar uma luz em me dizer que isso está correto ou errado?

Essa nota que vai ela é passivo de gerar GNRE? Aguardo alguém para que possamos debater sobre o assunto.