Transferência de armazenagem entre armazéns

Trabalhamos com produto armazenado em SP e por várias vezes precisamos que o produto suba com modal ferroviário para MT, após a mudança do convênio 100, tivemos problemas com o retorno do crédito de ICMS.
Vou descrever como era realizado a operação que seria a forma ideal para ocorrer, mas que hoje se torna inviável pela perda de ICMS.

Armazem 1 (Aonde fazemos a primeira armazenagem) estado de SP
Armazem 2 ( Aonde fazendo a segunda armazenagem) estado de MT
Empresa (Dona do produto) estado de MT

O produto já descarrega com as notas de remessa para armazenagem com CFOP 6905 para o armazém um com destaque de ICMS.
O armazém 1 carrega os vagões, emite uma nota de retorno simbólico de armazenagem CFOP 5907 sem destaque de imposto.
A empresa escritura a nota de retorno e emite uma nota de remessa simbólica para armazenagem CFOP 5934 com ICMS

E nesse momento que perdemos o ICMS, pois o armazém 1 vai emitir uma nota de remessa por conta e ordem com destinatário o armazém 2, indicando a minha nota de remessa para armazenagem simbólica e essa nota tem destaque de ICMS, aonde a empresa dona do produto não consegue recolher.

O restante do processo corre normal como de costume.
Existe alguma forma de manter esse desenho e não perder o ICMS?

E se o armazém 1 e armazém 2 forem no mesmo estado, conseguimos fazer da mesma forma, sem perder ICMS? 

Quase dois anos sem resposta, acredito que não exista essa possibilidade.
Sendo essa uma realidade da empresa, será necessário pedir um regimes especial pela secretaria da fazenda (não faço ideia do prazo).