Alex, seja bem vindo ao forum!
Vamos ver se consigo te ajudar.
Bom em 1º lugar sugiro à você que de uma lida nos Artigos 405 ao 407 do Decreto 45.490/2000 do RICMS-SP. Acredito que sua duvida será mais esclarecida.
Quando faço este tipo de operação triangular, costumo colocar em dados adicionas os seguintes dizeres:
Nota Fiscal emitida de acordo com as letras "a" e "b", item I, do Art. 406 do Decreto 45.490/2000 RICMS-SP e letra "a" insiso I, Art. 415 do Decreto 4.544/2002 RIPI
Mercadoria em transito para empresa: XYZ Ltda, estabelecida a (end. completo), CNJP. _____ e I.E_____, para insdustrialização por conta e ordem da adquirente através da NF nº __ de __/__/__
e quando for a de Remessa CFOP 5.924
Nota Fiscal emitida de acordo com as letra "c", item I, do Art. 406 do Decreto 45.490/2000 RICMS-SP e letra "b" insiso I, Art. 415 do Decreto 4.544/2002 RIPI, referente a NF nº __ de__/__/__, no valor de R$ da empresa XYZ Ltda, CNPJ e I.E, na qual os impostos foram destacados.
Mercadoriaque segue para industrialização por conta e ordem da empresa acima qualificada
Espero ter ajudado.
Boa sorte!