Bom dia,
Sim, nesse caso como a transportadora e o tomador/pagador do frete são de fora do SP, o ICMS de 7% do CTe deve ser pago no ato da saída (Art 316 do RICMS [nesse caso não aplicável por sujeição passiva devido o tomador ser de fora de SP] e Art 115, IX).
O crédito presumido de 20% vai abater diretamente na guia DARE SP quando da emissão (§ 3º do Art. 11 do Anexo III do RICMS/2000).
A emissão da guia DARE/SP é nesse link. Preencher com os dados da transportadora e em tipo de débito, escolher "ICMS - Transporte - outra UF (11101).
Em Observação tem um limite de caracteres... Mas a legislação pede tudo isso:
1 - a guia de recolhimentos especiais, que servirá, se for o caso, como comprovante para crédito do imposto, deverá conter, além dos demais requisitos, ainda que no verso, os seguintes dados:
a) o preço do serviço;
b) a base de cálculo do imposto, se o seu valor for diferente do preço;
c) a alíquota aplicável e o valor do imposto;
d) o número, a série e a data da emissão do documento fiscal relativo à mercadoria transportada;
e) a identificação do tomador do serviço: nome, endereço e números de inscrição, estadual e no CNPJ ou CPF;
f) os locais de início e fim da prestação do serviço;
g) a identificação do transportador: nome, placa do veículo e nome do motorista, no caso de transporte rodoviário, ou outros elementos identificativos, nos demais casos;
Nesse caso, você vincula essa informações no CTe e tenta na observação da DARE colocar só informações que ajudem a identificar que é atrelada ao CTe.
Att