CPF/CNPJ diferente no pagamento e na nota fiscal

Olá, pessoal!

Tenho alguns clientes que realizam o pagamento via pix ou cartão com sua conta pessoa física e pedem nota para um CNPJ. 

Eu posso emitir essa nota? Pois vai aparecer para a receita esta divergência, mas não sei se isso é ilegal para a minha empresa.

Tem alguns também que fazem o pagamento de um CNPJ mas pedem a nota para outro.

Eu sei que o ideal seria fazer no mesmo CPF/CNPJ, mas alguns insistem...

Um abraço!

Larissa