ISSQN RETIDO INDEVIDAMENTE

Olá, 
Trabalho num órgão de distribuição de serviços, para atendimento aos indígenas.
Acontece que uma nota de HM (local onde foi prestado), estava com o rodapé com a informação dizendo q era pro issqn ser retido em Porto velho (local onde trabalho), ou seja, não quiseram emitir a guia de recolhimento por esse motivo, então foi emitida a guia e pago em Porto velho, porque não tinha mais como cancelar a nota.
A pergunta é a seguinte: Quais os riscos em manter assim? 
Se num futuro pode acarretar prejuízos ou até mesmo algo mais grave?