Marcia,
Primeiro para cancelamento do CT-e extemporâneo, não pode ter sido emitido MDF-e para o mesmo.
Se ele enquadra nessa situação, você poderá solicitar o cancelamento extemporâneo pelo SIPET (Sistema de Peticionamento Eletrônico), no site da secretaria da fazendo.
O pedido deve ser acompanhado da:
1 - Chave de acesso do CT-e a ser cancelado extemporaneamente;
2 - Folha do livro Registro de Saídas e/ou Entradas, correspondente ao lançamento da operação ou prestação ou declaração de que faz uso da EFD (Escrituração Fiscal Digital);
3 - Comprovação de que a operação não ocorreu:
4 - Declaração firmada pelo representante legal do tomador paulista do CT-e de que faz uso da Escrituração Fiscal Digital ou, não sendo este o caso, declaração firmada pelo representante legal do tomador paulista do CT-e que não ocorreu a prestação e de que não utilizou como crédito o valor do imposto registrado no documento fiscal.
5 - Declaração firmada pelo representante legal e os motivos que impediram o cancelamento tempestivo do CT-e.
Após isso, a SEFAZ autoriza o cancelamento, você terá 24 horas para realizar o cancelamento no seu sistema.