Recusar/Devolver Nota Fiscal após 45 dias da Emissão (estado de são paulo)

Bom dia,
Recebemos uma nota fiscal de uma empresa, porém a mercadoria foi devolvida para adequações. Não cancelamos a nota na epoca achando o problema ia ser resolvido rapidamente.
45 dias depois a mercadoria foi entregue corretamente, mas percebemos que havia 2 valores unitarios errados na nota fiscal.

Qual a melhor forma de resolver essa questão? Sem a emissão de uma nova nota e cobrança de tributos 2x.

É possivel emitir uma nota de devolução agora 45 dias depois? Ou a Manifestação de Destinario recusando a entrega?

Obrigado, Victor