Depósitos de mercadorias para terceiros, exceto armazéns gerais e guarda-móveis

Boa tarde, Pessoal.

Queria saber se alguém poderia tirar uma dúvida.

A Matriz de uma fábrica tem os seguintes CNAE'S:

CÓDIGO E DESCRIÇÃO DA ATIVIDADE ECONÔMICA PRINCIPAL
10.93-7-01 - Fabricação de produtos derivados do cacau e de chocolates

CÓDIGO E DESCRIÇÃO DAS ATIVIDADES ECONÔMICAS SECUNDÁRIAS
47.63-6-01 - Comércio varejista de brinquedos e artigos recreativos
47.61-0-03 - Comércio varejista de artigos de papelaria
47.21-1-04 - Comércio varejista de doces, balas, bombons e semelhantes
46.37-1-07 - Comércio atacadista de chocolates, confeitos, balas, bombons e semelhantes
46.37-1-99 - Comércio atacadista especializado em outros produtos alimentícios não especificados anteriormente
71.20-1-00 - Testes e análises técnicas
74.90-1-99 - Outras atividades profissionais, científicas e técnicas não especificadas anteriormente
82.92-0-00 - Envasamento e empacotamento sob contrato

e ela tem uma Filial com o seguinte CNAE:

CÓDIGO E DESCRIÇÃO DA ATIVIDADE ECONÔMICA PRINCIPAL
52.11-7-99 - Depósitos de mercadorias para terceiros, exceto armazéns gerais e guarda-móveis


Em casos de falta de espaço no estoque da MATRIZ, eles remetem para a Filial Depósito as Mercadorias, mas ao analisar as NOTAS eu percebi que estão usufruindo do Beneficio da não incidência do ICMS que trata o  Artigo 7º inciso I do Decreto 45490/00 RICMS/SP com o uso do CFOP 5905 e RETORNA essa MERCADORIA pelo CFOP 5906 para a MATRIZ.

Pelo que eu entendi, a não incidência que trata o Decreto é para as Saídas de Mercadoria com destino a ARMAZÉM GERAL.

Se realmente for o que eu entendi, a operação deve ser tributada pelo ICMS, mesmo sendo uma filial da REMETENTE e o RETORNO também deve ser tributado?


Agradeço desde já!

Boa tarde,

Alguém poderia me ajudar nessa questão?
A Empresa foi notificada e está sendo cobrada pelo não recolhimento do ICMS nessa operação.

Agradeço!