ISS Pago em Duplicidade

Boa tarde a todos!

Trabalho com uma empresa prestadora de serviço (simples nacional) e emiti uma NFS com dedução de materias e não houve destaque para o ISS, ou seja, a empresa prestadora de serviço foi a responsável pelo pagamento do ISSQN. Acontece que o cliente (tomador do serviço) fez o pagamento da NFS,  reteve o ISS não considerou o desconto dos materiais. Nesse caso, como devo proceder? Já não é possivel cancelar a nota, pois o imposto foi pago. Devo pedir restituição pelo simples ou diretamente na prefeitura municipal?

Obrigado pela atenção.

Em situações em que o tomador do serviço retém o ISS e não considera o desconto dos materiais, você pode seguir os seguintes passos:
1- Entre em contato com o tomador do serviço (cliente) e explique a situação: Inicialmente, é recomendável falar com o cliente para explicar a situação e solicitar que eles façam a correção da retenção do ISS para considerar o desconto dos materiais. Muitas vezes, isso pode ser resolvido de forma amigável diretamente com o cliente.
2- Emita uma nota de ajuste, se necessário: Se o cliente concordar em retificar a retenção, você pode emitir uma nota de ajuste para corrigir a situação na contabilidade.
3- Se o cliente não concordar em retificar a retenção, você pode solicitar a restituição do ISS pago indevidamente à prefeitura municipal.

Olá Alves bom dia,

Agradeço atenção!
Infelizmente o Cliente não quer fazer a alteração na nota fiscal, sendo assim, como devo solicitar a Prefeitura Municipal, pode ser através do Portal CAC? 

Boa tarde,

Portal E-CAC é somente para tributos administrados pela Receita Federal.

Portanto, qualquer pedido de restituição de ISSQN deve ser baseado no código tributário do município e diretamente na referida prefeitura.

Agora, sua empresa como prestadora não foi o sujeito ativo do recolhimento, logo, mesmo que tente, sua empresa não conseguirá restituição de um tributo que não foi ela que "pagou". Esse serviço, de solicitar restituição do ISSQN recai justamente ao tomador do serviço que efetuou a retenção e o recolhimento.

Att