Unidade de medida e conversão de matéria prima

Boa tarde,

Uma indústria, compra matéria prima  em que uns produtos vem em toneladas e outros em caixas. Na entrada dessas matérias primas em estoque, posso controlar o estoque já convertido em quilo e peça ou devo entrar conforme veio em nota fiscal e depois de transformado em produto final ter a conversão para para as unidades quilo e peça? 
 Alguém já teve problema com fisco devido controlar o estoque da matéria prima já convertida? 

Boa tarde,

Exemplo exagerado:

1 barra de ferro de 1 tonelada.

A empresa pode dar entrada em seu estoque como 1PC ou 1TON ou 1000 kilos e assim vai. Depende de como a empresa trata/controla essa questão no seu processo produtivo.