Elaine,
O artigo 214 do RICMS SP, prevê que a escrituração do livro de entrada deva ser escriturado em ordem crocologica das entradas. Assim, não há previsão para registro fora do prazo.
Ao pé da letra, podemos dizer que é humanamente impossivel, dependendo do tamaho de sua empresa, a correção dessa falha pelo caminho legal.
Pelos meios legais, vc teria que refazer toda sua escrita fiscal, substituir Guias, pagar Gares. É muito complicado.
Outra opção, é registrar agora, como se vc estivesse recebendo somente agora essa nota, e correr o risco de ser fiscalizada, e pega por isso.
Então cabe a vc verificar se vale a pena correr esse risco.
Veja se vale a pena, pelo valor do credito, aproveitá-lo agora. Se não for tão significativo, registre somente o Documento, sem credito, e observe na coluna observações: "lançamento fora de prazo" Aí o risco é menor.
Sinceramente, já fiz isso e nunca fui autuado.
Analise se vale a pena correr o risco