Boa noite,
Se essa empresa está cadastrada no sistema de contabilidade, tem opção de você tirar uma relação de produtos cadastrados com os impostos, aí tem que ver se o teu sistema tem essa opção. Senão tem que abrir chamado para o suporte pedindo isso.
Mas veja bem, se esse cadastro de produtos vai para o sistema contábil através do SPED e não de uma integração, vai dar no mesmo, porque o que você tem é o que eles te entregavam.
Mas questione porque ele está pedindo esta lista até para entender melhor o que ele quer fazer.
O certo mesmo é pegar a relação de produtos e revisar a incidência dos tributos, mas ai eu entendo que esse serviço é a parte e também não deve partir do "cara da TI" e sim do setor mais fiscal da própria empresa.
Outra coisa material de construção compra para revender, quem cadastra lá no sistema do material de construção pega a nota e "repete" no cadastro, sem fazer a "critica" fiscal.
Ao meu ver não é tão simples... mas recomendo uma ligação com ele para entender a situação.