Em princípio, desde 01/09/2020 MEI está dispensada de alvará de funcionamento. (Resolução nº 48 CGSIM, Art. 16.)
"Art. 16. O MEI manifestará sua concordância com o conteúdo do Termo de Ciência e Responsabilidade com Efeito de Dispensa de Alvará e Licença de Funcionamento a partir do ato de inscrição ou alteração, emitido eletronicamente, que permitirá o exercício de suas atividades."
Dessa maneira, entendo que seu MEI estando regular, não há porquê se preocupar com alvará na prefeitura.
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Se passou a ser Microempresa em 2024, entendo que há um limbo jurídico em que a prefeitura está atuando para tentar reaver seus micro-valores de 2023.
O que podes tentar fazer para liberar sem pagar todo o atrasado é parcelar as taxas de MEI antigas para conseguir o efeito suspensivo e liberar o alvará.