Empresa está em uma cidade, mas abriu CNPJ em endereço virtual em outra cidade. É legal?

Sei que isso é uma prática bem comum de mercado, empresas que são de x cidades e abrem em outras cidades com um endereço fiscal.

A questão é o ISS. Essa prática é ilegal,pensando que a empresa está em uma cidade, logo ela deveria pagar ISS daquele municipio, mas ao abrir em outro, vai contribuir para um municipio que você só tem de fato endereço virtual.

Não, não é uma pratica legal.

Nos termos da Lei Complementar 116/2003, Lei do ISS:

Art. 3º O serviço considera-se prestado, e o imposto, devido, no local do estabelecimento prestador ou, na falta do estabelecimento, no local do domicílio do prestador, exceto nas hipóteses previstas nos incisos I a XXV[...]

Art. 4º Considera-se estabelecimento prestador o local onde o contribuinte desenvolva a atividade de prestar serviços, de modo permanente ou temporário, e que configure unidade econômica ou profissional, sendo irrelevantes para caracterizá-lo as denominações de sede, filial, agência, posto de atendimento, sucursal, escritório de representação ou contato ou quaisquer outras que venham a ser utilizadas.

Correta sua linha de raciocínio.

Alisson, obrigado pela resposta.

E no que se diz respeito as atividades prestadas dentro do digital? que são exercidas em sua residência de forma 100% online. As regras são as mesmas?

Sim, até pela leitura do trecho final do supracitado, Art. 3º:

Art. 3º O serviço considera-se prestado, e o imposto, devido, no local do estabelecimento prestador ou, na falta do estabelecimento, no local do domicílio do prestador, exceto nas hipóteses previstas nos incisos I a XX

Respeitando obviamente as exceções listadas, deve-se no local onde se encontra o prestador.