ICMS ST não Recolhido MEI

Bom dia!
Somos revendedores de madeiras e materiais de construção, empresa Lucro Presumido, contribuinte do ICMS no estado de Pernambuco. Compramos mercadoria para revenda sujeita ao regime de Substituição Tributária, porém o fornecedor é MEI, no regime Simples Nacional, localizado também no estado de Pernambuco. Por força da Lei o MEI não pode ser Substituto Tributário. O mesmo emitiu NF-e CFOP 5101 e CST 0102 sem destaque de ICMS e nem ICMS-ST.
Nesse caso a responsabilidade do recolhimento, em meu entendimento, é nossa. Por favor, me corrijam se eu estiver errado.
A minha dúvida é:
Esse recolhimento deve ser feito através de GNRE código de Receita 100099 ou DAE código de receita 00109-0

Bom dia! 
Seu entendimento está correto, você está na condição de responsável solidário pelo ICMS-ST do MEI. 
Entendo que o correto seria o recolhimento através da GNRE já que se trata de ICMS ST e a GNRE é uma guia nacional para recolher tributos estaduais. Cabe consultar também a legislação do seu estado para saber se há alguma outra especificidade ou orientação.
Sobre o código de receita, entendo o 100099 como correto por se tratar de um recolhimento por documento e não por apuração. 
Espero ter ajudado!