Boa tarde, Luzyrlhena.
Temos que levar em consideração a incidência dos tributos ICMS e ISS. No transporte municipal, incide ISS. No transporte intermunicipal e interestadual, incide o ICMS.
Com base nisso, as NFSe, que tem a incidência do ISS, deve ser tributado no anexo III, normalmente, como qualquer outro tipo de serviço geral.
Já no caso dos CTes, por envolver ICMS, existe um tipo de receita específica no PGDAS para transportes intermunicipais e interestaduais de cargas, onde o PGDAS vai desconsiderar o percentual relativo ao ISS e adicionar o percentual relativo ao ICMS.
No PGDAS você vai encontrar um tipo de receita parecido com isso:
Serviços de comunicação; de transporte intermunicipal e interestadual de carga; e de transporte intermunicipal e interestadual de passageiros autorizados no inciso VI do art. 17 da LC 123, exceto para o exterior
Transporte sem substituição tributária de ICMS (regra geral)
Os dois tipos de receita são anexo III (NFS-e e CT-e), porém, o primeiro incide ISS e o segundo incide ICMS.
Espero ter ajudado.
Atenciosamente,
Abner