Na minha opinião, não se aplica a antecipação, pois não haverá nova saida da mercadoria...
Artigo 426-A - Na entrada no território deste Estado de mercadoria indicada no § 1°, procedente de outra unidade da Federação, o contribuinte paulista que conste como destinatário no documento fiscal relativo à operação deverá efetuar antecipadamente o recolhimento
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I - do imposto devido pela própria operação de saída da mercadoria;
II - em sendo o caso, do imposto devido pelas operações subseqüentes, na condição de sujeito passivo por substituição.
E sendo lançado e apurado o diferencial pelo seguinte artigo:
Artigo 117 - Em caso de entrada, real ou simbólica, de mercadoria oriunda de outro Estado, destinada a uso, consumo ou integração no ativo imobilizado, ou de utilização de serviço cuja prestação se tiver iniciado fora do território paulista e não estiver vinculada a operação ou prestação subseqüente alcançada pela incidência do imposto, sendo a alíquota interna superior à interestadual, o contribuinte deverá escriturar no livro Registro de Apuração do ICMS, no período em que a mercadoria tiver entrado ou tiver sido tomado o serviço (Lei 6.374/89, art. 59):
I - como crédito, no quadro "Crédito do Imposto - Outros Créditos", com a expressão "Inciso I do Art. 117 do RICMS", o valor do imposto pago em outro Estado, relativo à respectiva operação ou prestação;
II - como débito, no quadro "Débito do Imposto - Outros Débitos", com a expressão "Inciso II do Art. 117 do RICMS", o valor do imposto decorrente da aplicação da alíquota interna sobre a base de cálculo correspondente à operação ou prestação aludida no inciso anterior.
§ 1º - O documento fiscal relativo à operação ou à prestação será escriturado no livro Registro de Entradas, devendo ser anotado, na coluna "Observações", o valor correspondente à diferença do imposto devido a este Estado, com utilização das colunas sob os títulos "ICMS - Valores Fiscais" e "Operações ou Prestações sem Crédito do Imposto" (Redação dada ao parágrafo pelo Decreto 46.295 de 23/11/2001; DOE 24/11/2001; efeitos a partir de 01/01/2001)