Sim, neste caso o pagamento é feito diretamente em ajuste na EFD.
Conforme podemos observar na recente Consulta SEFA Nº 13/2023:
Nessa situação, cabe à consulente preservar elementos de prova que certifiquem a ocorrência, em percentuais compatíveis com índices referenciais de perdas quantitativas verificados no transporte de milho e soja, em grãos.
Ainda, além de emissão de documento fiscal com indicação do
CFOP 5.927 ("Lançamento efetuado a título de baixa de
estoque decorrente de perda, roubo ou deterioração") deve a consulente tomar outras providências, que dependem do tratamento tributário a que submetidas as operações de aquisição, conforme previsto no inciso V do art. 45 (estorno de crédito) e no inciso I do art. 23 do Anexo VIII (encerramento da fase de diferimento), ambos do Regulamento do
ICMS.
Frise-se que o inciso II do § 11 do art. 237 do Regulamento do ICMS, em caso de baixa de estoques, expressamente estabelece o dever de estornar eventual crédito ou de realizar o pagamento do imposto suspenso ou diferido nas operações anteriores, em conformidade com o tratamento tributário a que submetida a operação de entrada das mercadorias.
Nessa situação, considerando que a
nota fiscal emitida não deve conter destaque de imposto, conforme dispõe a alínea "b" do inciso I do § 11 do art. 237 do Regulamento do ICMS, o estorno dos créditos ou o recolhimento do imposto diferido na operação anterior devem ser efetuados mediante registro na Escrituração Fiscal Digital (EFD), com utilização do código de ajuste específico à situação, nos termos da Norma de Procedimento Fiscal nº 52/2018.
Eu olhei na NPF e não encontrei código especifico a esta situação, então creio que o PR009999 "ICMS - Outros Débitos - Demais casos" seja o adequado apenas detalhando na descrição do ajuste do que se trata.