Incidência de ITBI ou ITCD

Estou realizando o registro de um imóvel junto ao Cartório,
Ocorre que o registro é no CNPJ A, e consta na escritura que o pagamento foi realizado através do CNPJ B.
O sócio de ambos os CNPJ´s são a mesma pessoa.
Houve o recolhimento do ITBI junto a Prefeitura, porém ao dar entrada no registro o cartório se negou a registrar
questionando sobre a incidência do ITCD neste caso, visto que o registro é no CNPJ A e o pagamento foi realizado através do CNPJ B.

Neste caso, 
Existe a incidência do ITBI OU ITCD?
Já realizei também a consulta tributária junto a SEFAZ, mas já fazem 45 dias e não obtive resposta alguma.

Leonardo, bom dia

ITBI é um imposto sobre venda de algum imovel

ITCD é referente a doação.

Pelo que você descreve houve um pagamento, então entendo que seria pagamento de ITBI.
Doação, não há pagamento e sim uma transferência de um bem ou numerado de uma pessoa para outra. (seja fisica ou juridica)
Na venda é necessário verificar também se houve ganho de capital para o calculo de imposto de renda

Bom dia,

Na maneira que foi descrita há ambos os impostos.

Existe a figura do ITCMD pela doação feita da empresa B para a A, afinal se uma entidade independente paga, sem contraprestação, um débito de outra, resta configurado uma doação deste valor.

E existe o ITBI pela venda do terceiro para a empresa A.

Em suma, existiu o ITBI pela venda, e existiu o ITCMD pela doação do valor da Empresa B para A, para quitação da venda.

O que pode fazer para tentar evitar o ITCMD é desfigurar a operação como doação, talvez com um contrato de Mutuo financeiro entre as 2 empresas, em que conste que a cessão do valor mutuado ocorreu mediante a quitação da divida da Empresa A e que o valor será futuramente devolvido nos valores e prazos determinado.

Assim deixa de ser uma doação e vira um empréstimo, ou mutuo se preferir, e assim inexistirá o fato gerador do ITCMD.
Mas confirme com quem lhe presta assessoria jurídica sobre as implicações desta operação.

Abraços