Luiz,
Nesse tipo de situação o ideal é tu gerar relatórios no seu sistema ai de IRRF liquidados (ou um livro razão) e um relatório de IRRF pagos, com isso tu confronta.
Lembrando que o IRRF não é repassado para RFB, pois trata-se de receita do município, por isso essa dificuldade.
Com isso só com esses relatórios tu consegue, uma dica é tu ir na nota de liquidação e ver qual conta do passivo movimenta e gerar um razão dela, lá irá constar todos os saldos, de mesmo modo ir na nota de pagamento/programação de desembolso e consultar a conta que movimenta o passivo.
Uma outra saída também, é pedir a fazenda municipal o valor de IRRF recolhido ao cofre público, o que facilita também a consulta.
Como são receitas municipais acaba que gera essa dificuldade infelizmente, mas é por ai.
No mais é isso.
"A virtude de uma pessoa mede-se não por ações excepcionais, mas pelos hábitos cotidianos!"
Kaik R. Vieira
Contador (setor público e privado)
Ex-Perito Judicial
CRC: 0021187/O - ES
Vitória/ES