ISS serviço prestado em outro munícipio

Quando o serviço é prestado em um municipio da sede da empresa, o ISS referente Simples Nacional, é devido a qual municipio? Do Tomador ou do prestador de serviços? 

Depende do tipo do serviço na lista da Lei Complementar 116/03.

A regra geral é o serviço ser devido no município do prestador (Art. 3°). Mas, pode ser devido ou no município do tomador ou no município local da prestação, caso seja uma das atividades listadas nos 25 incisos de exceção do Art. 3° da citada lei. 

Serviços de execução de obras da construção civil

Então é o subitem 7.02 da lista anexa a lei. 

Nesse caso, segundo Art 3°, Inciso III da lei 116/03, o local de cobrança do ISS é o município de execução da Obra.

"Art. 3o  O serviço considera-se prestado, e o imposto, devido, no local do estabelecimento prestador ou, na falta do estabelecimento, no local do domicílio do prestador, exceto nas hipóteses previstas nos incisos I a XXV, quando o imposto será devido no local:
...
III – da execução da obra, no caso dos serviços descritos no subitem 7.02 e 7.19 da lista anexa;"

Então, no seu caso, ele é devido no município na sede da empresa,  onde foi executada a obra.