Quanto a segunda pergunta vamos por partes, primeiramente, o que seria o comodato:
Comodato é o contrato unilateral, gratuito, pelo qual alguém (comodante) entrega a outrem (comodatário) coisa infungível, para ser usada temporariamente e depois restituída. Uma vez que a coisa é infungível, gera para o comodatário a obrigação de restituir um corpo certo.
então o comodato seria um tipo de empréstimo sem obrigação financeira.
Então vamos entender a lógica da emissão das notas.
Empresa comodante: Emite a nota fiscal com CFOP 5.908/6.908(Remessa de bem por conta de contrato de comodato).
Empresa comodatária: Recebe a nota fiscal, e da entrada no sistema com CFOP 1.908/2.908(Entrada de bem por conta de contrato de comodato ).
De acordo com o contrato e os prazos, a empresa comodatária: Deve ao fim do prazo, devolver os materiais obtidos pelo comodato com CFOP 5.909/6.909(Retorno de bem recebido por conta de contrato de comodato).
E a empresa comodante: Da entrada do retorno de seus bens pela CFOP 1.909/2.909(Retorno debem remetido por conta de contrato de comodato).
E este é o fim do ciclo.
Porém como você perguntou, se ocorrer da empresa devolver o material sem emitir a nota fiscal(o que é totalmente errado, algo que não deve acontecer), creio que para a empresa que está recebendo o material, deveria exigir a nota fiscal, porém se acontecer algum imprevisto e a nota não for gerada, a empresa tiver fechado, algo do tipo, EU(minha opinião), daria entrada própria da minha nota de comodato, não digo nem usando a CFOP 5.949/6.949, porque mesmo assim acho que estaria errado, mais usaria a CFOP 1.909/2.909(gerando nota fiscal própria), para baixar este saldo de terceiros que iria ficar aberto.
Espero ter esclarecido,
Abraços.