Bom dia,
As notas indevidas só faz registro de entrada se, e caso precise efetuar a nota de devolução.
Caso contrário efetue a "manifestação da operação" ( operação não realizada ou Desconhecimento da operação) das notas que não são válidas.
Se emitiram notas sem qualquer mercadoria enviada, sem necessidade de fazer todo o trâmite de registro de entrada e possível devolução.
Agora, caso precisem enviar mercadoria de volta e necessita da emissão de notas de devolução, a mesma deve ser efetuada conforme seu registro de entrada.
Se entrou nota com CFOP 1556, deve sair com 5556 a devolução.
E, mesmo que seja uma empresa do Simples, a emissão da nota fiscal de devolução obriga que deve ser destacado o ICMS em campo próprio conforme as notas do seu fornecedor.