Importação Direta - Entrega em lugares distintos

Foi feito uma compra de diversas matérias-primas com um fornecedor estrangeiro e ao chegar no Porto, o setor responsável pela compra, informou ao setor fiscal, que uma matéria-prima deveria ser entregue no fornecedor que irá fazer a industrialização em terceiros.
É possível emitir duas notas fiscais distintas para lugares de entrega diferentes, sendo que só existe uma Declaração de Importação, que foi emitida em nome da empresa responsável pela compra?