Oi Jackeline, bom dia.
Não mencionou quantas NFs utilizou dessa forma, a fim de dimencionarmos a questão com maior imparcialidade.
Sabemos que a numeração por processamento de dados deve sempre começar da numeração 01, sendo que o número da NF (aquele impresso pelo sistema) não precisa necessariamente ser igual ao número do formulário.
Caso haja impossibilidade de cancelar os documentos emitidos, entendo que a melhor saída seria fazer comunicação espontânea ao fisco sobre o ocorrido para que voce tenha uma posição oficial de como agir. Aí no seu estado, não sei se seria através de requerimento ou anotação no RUDFTO (Reg. Termos de Ocorrências).
E até que a coisa se resolva, o ideal seria paralisar a emissão de NFs por processamento de dados.
Como vê, a situação é de caráter emergencial.
Boa sorte... depois de solucionada a questão, interessante que postasse a solução aquí no Fórum, ok?
Att
Hugo.