Do ponto de vista legal, sim.
O que daria para tentar alternativamente é deixar como está e na hora de entregar emitir uma nota com CFOP genérico 5949/6949 para acompanhar a entrega física da mercadoria, porém se chegar a parar em fiscalização pode dar problemas.
E outra solução não muito correta é na hora de entregar emitir outra nota de venda idêntica a atual e usa-la para acompanhar a mercadoria, chegando lá, cancela a nota, porém pra fazer isso não poderá vincular a nota a CTe ou MDF-e pois não conseguirá cancelar.
E em últimos casos enviar usando essa nota mesmo, porém se chegar a ser parado em fiscalização vai ser muito complicado explicar o caso, pois vai parecer que está notas antigas para transportar mercadoria sem emitir novas notas.