Boa tarde, Edvaldo!
O procedimento pelo colega William está correto. Apenas complementando, a base legal é o art. 18 da Resolução CGSN nº 140/2018:
Art. 18. Na hipótese de cancelamento de documento fiscal, nas situações autorizadas pelo respectivo ente federado, o valor do documento cancelado deverá ser deduzido no período de apuração no qual tenha havido a tributação originária, quando o cancelamento se der em período posterior.
Quanto ao procedimento para cancelamento após o prazo, apenas a prefeitura pode lhe informar, cada uma tem suas regras e prazos de como fazer o cancelamento extemporâneo. E após feito deve seguir a orientação do William.