Cancelamento e Anulação de CT-e - Prazo perdido para Cancelamento e Anulação. O que fazer?

Boa Tarde a todos,
Estou com uma situação em uma transportadora cliente nossa. Ela tem um fluxo grande de emissão de conhecimentos e acaba tendo documentos emitidos errados com frequência. Além disso, tem os clientes que ela opera tem um prazo longo de validação das informações, então muitas vezes o cliente só percebe que emitiu algo errado quando já passaram os prazos de desacordo e emissão de um substituto, e mesmo o cancelamento extemporâneo normalmente não serve para resolver pois a viagem de fato ocorreu e já tem MDF-e encerrado.
Se após o prazo ela emitir um novo documento sem corrigir o anterior para conseguir receber do cliente dela, isso irá gerar imposto em duplicidade.

Sabem alguma forma que poderíamos creditar esse impostos pago em duplicidade ou corrigir esse processo após o prazo do desacordo?

Essa transportadora atua em todo o território nacional, mas a maioria desses casos ocorre em SP.

Obrigado!

Bom Dia,

Referente ao ICMS até 50 UFESP'S conforme artigo 63 do RICMS/SP poderá fazer o estorno na apuração sem pedir autorização ao fisco.

Quanto aos federais seria através de compensação no PER/DCOMP mas apenas com a anulação/cancelamento do CTe.

At. te