Oi Adrielly!
Quando o transporte é intermunicipal, o documento fiscal exigido é o CT-e (Conhecimento de Transporte Eletrônico).
O MEI Caminhoneiro pode emitir CT-e, desde que tenha:
RNTRC ativo (registro na ANTT)
Inscrição Estadual no seu estado
Sistema para emitir CT-e
Atenção: Nem todos os estados permitem que MEI tenha Inscrição Estadual. Se o seu estado não permitir, o MEI não consegue emitir CT-e.
Na prática:
MEI com documentos em dia → emite CT-e direto
MEI sem possibilidade → a transportadora emite o CT-e, MEI faz recibo
Verifique primeiro se o seu estado permite MEI ter Inscrição Estadual!
Eu recomendo o sistema que um amigo me indicou, o Simplifique. Eles emitem CT-e para MEI e têm um suporte bem bacana que esclarece essas questões do dia a dia. Sempre que surgem dúvidas sobre documentos fiscais ou qualquer coisa relacionada ao transporte, vale a pena conversar com eles - ajuda muito a não ficar perdido nessas burocracias.